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En Ecuador, diversos ecosistemas están bajo amenaza debido a factores como la deforestación, la expansión urbana, la minería, el cambio climático y la agricultura intensiva. Algunos de los principales ecosistemas amenazados son:
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Ecuador alberga una gran parte de la Amazonía, uno de los ecosistemas más biodiversos del planeta. Sin embargo, los bosques tropicales están siendo amenazados por actividades humanas que ponen en riesgo numerosas especies y que afecta el clima global, tales como: 
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Los páramos son ecosistemas de alta montaña que se encuentran en las regiones andinas de Ecuador. Estos ecosistemas son cruciales para la regulación del ciclo del agua y la conservación de la biodiversidad y se ve amenazado por factores naturales o antrópicos como:
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Los manglares de la región costera del Ecuador desempeñan un papel vital en la protección de las costas y la biodiversidad marina. Están amenazados por actividades  humanas, que afectan la vida marina y la resiliencia de las comunidades costeras frente a fenómenos climáticos extremos.
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Las Islas Galápagos son un Parque Nacional y Patrimonio Mundial, sus ecosistemas están en constantes amenazas que ponen en riesgo tanto la fauna endémica como el equilibrio ecológico del archipiélago.
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Lastimosamente los ecosistemas antes mencionados no son los únicos afectados, también los bosques andinos y los ecosistemas marinos ecuatorianos que son de importancia fundamental tanto a nivel local como global debido a los servicios ecológicos que prestan, su biodiversidad única y su influencia en el clima y el bienestar humano.
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